1995年，時值土地政策調整的關鍵時期，農村家庭聯(lián)產承包責任制的期限問題引發(fā)激烈爭論，導致不少農民對30年土地承包期限到期后的出路表示擔心。針對這種情況，中改院在充分調查研究的基礎上，1996年向中央有關部門提交了“深化農村經濟改革的60條建議”，提出盡快實現(xiàn)農戶土地使用權的長期化、物權化、資本化，從制度上穩(wěn)定廣大農民的預期。

1998年，中改院率先提出“賦予農民長期而有保障的土地使用權”這一重要建議，引起中央領導的關注，時任國務院副總理溫家寶同志作了批示。此建議報告提出，要從法律上賦予農民長期而有保障土地使用權，把農民土地使用權納入產權保護范疇，使其擁有對土地使用權依法享有占有、使用、收益的權利。當時正值黨的十五屆三中全會《決定》起草期間，此建議報告被作為起草三中全會《決定》的參閱件。全會作出的《中共中央關于農業(yè)和農村工作若干重大問題的決定》，直接采用了這一建議。

為配合國家土地法律法規(guī)修訂，中改院在1999—2000年集中力量研究土地立法問題，建議“把土地使用權真正交給農民”納入立法，提交了一系列“農村土地使用權立法的建議”。這些成果被用作國家土地承包法起草的參閱件，部分內容被直接采用。時任全國人大農村工作委員會的主要領導對這些研究成果給予很高評價，三次親自帶領土地承包法工作小組到中改院，征求對土地立法的意見和建議。

2014年，全國政協(xié)委員、中改院院長遲福林向全國政協(xié)十二屆二次會議提交“盡快從法律上賦予農民長期而有保障土地財產權的建議”提案，提出從法律上把農民土地使用權納入產權保護范疇、強化農民在征地中的主體地位等具體建議。

實現(xiàn)城鄉(xiāng)統(tǒng)籌協(xié)調發(fā)展，需要跳出“三農”看“三農”，把“三農”問題放在人口城鎮(zhèn)化大格局中統(tǒng)籌解決，而人口城鎮(zhèn)化的關鍵，在于城鄉(xiāng)之間資源要素的合理流動?！白屴r民工成為歷史”是中改院多年的政策主張。中改院認為，數(shù)以億計的農民工問題不僅關乎農村發(fā)展，而且在很大程度上決定著城鎮(zhèn)化成敗，是統(tǒng)籌城鄉(xiāng)關系的焦點。中改院課題組在赴廣東、湖南、四川、浙江等地深入調研的基礎上，2010年率先提出“讓農民工成為歷史”的政策主張，形成了一系列研究報告。近兩年，中改院又提出“以城鄉(xiāng)統(tǒng)一的居住證制度取代城鄉(xiāng)二元戶籍制度”的建議，目標就是讓傳統(tǒng)的城鄉(xiāng)二元戶籍制度退出歷史舞臺，實現(xiàn)城鄉(xiāng)居民基本權益平等化。

3. 推進政府轉型，建設公共服務型政府

中國改革的核心問題是處理好政府和市場關系。中改院一直把政府改革作為重點研究課題，在改革的不同階段，中改院都根據(jù)經濟社會發(fā)展的現(xiàn)實情況對政府改革的客觀要求來提出有針對性的改革建議。

1996年，中改院提出政府的主要作用是提供公共產品和公共服務，政府改革的核心是轉變政府職能。

2003年SARS危機期間，針對危機背后隱藏的深層次體制問題，中改院率先提出從“經濟建設型政府”向“公共服務型政府”轉型的建議：一是從優(yōu)先于經濟目標向優(yōu)先于社會目標轉變；二是從投資型財政體制向公共服務型財政體制轉變；三是從封閉型的行政體制向公開透明的行政體制轉變；四是從行政控制型體制向依法行政型體制轉變；五是從條塊分割的行政體制向統(tǒng)一協(xié)調的行政體制轉變。其后，中改院相繼提出“政府轉型”的理念與一系列的政策建議。這些建議，對政策決策與理論研究產生了重大影響，逐步受到國家相關部門的重視，被決策所采納。

2007年，中改院率先提出“以基本公共服務均等化為重點調整和改革中央地方關系”的建議，盡快實現(xiàn)中央地方關系從“以經濟總量為導向”向“以基本公共服務均等化為重點”的轉變。2012年，中改院完成中編辦委托的《走向公共服務型政府——未來5-10年深化行政管理體制改革戰(zhàn)略研究》研究報告，得到中編辦的高度評價，并經相關領導同意，呈送給中央編委各領導參閱。